（1）含益生菌保健食品注册申请，必须随附以下证明文件：菌株鉴定及功能特性描述（微生物鉴定方法、菌株保存情况以及体外和体内微生物试验结果）；安全性（符合世界卫生组织或世界粮食及农业组织规定的安全性和有效性文件，体外试验结果、体内试验结果和I期临床试验结果）；功效（完整的临床试验结果报告或科学期刊发布的文献资料）；质量标准等；
（2）提交新型益生菌菌株或新型益生菌组合评估申请的企业必须声称其除了有助于维持消化系统健康之外还有其他益处；评估申请应以电子方式提交给负责保健品和化妆品部门机构负责人；申请必须附上完整数据；
（3）获批的含益生菌的膳食补充剂必须在其标签上标识与临床试验相符的声明。包括：一般性声明（维持消化道菌群平衡，帮助维持消化健康）；功能性声明（除了维持消化健康之外的其他功能声明，如：作为某些疾病的辅助治疗或辅助手段）；降低疾病风险声明（服用含有益生菌的保健品可以降低某些疾病的风险）。
